故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际,天下公认的领袖——神农帝去世,金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中,少年拓拔野横空出世,在机缘巧合下得到了神农帝临终传承,开始了一段惊心动魄的传奇历程。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。