因为偷税事件,曾经处于精英组的百合根友久(冈田将生饰)被踢到早先成立的科学搜查班(ST)担任指挥官,通过之前的合作,虽然百合根始终未能完全接受青山翔(志田未来饰)、结城翠(芦名星饰)、黑崎勇治(漥田正孝饰)、山吹才藏(三宅弘城饰)以及ST实际领导者赤城左门(藤原龙也饰)这群怪人的行径,却也为他们自身那极度专业和见斥于周遭的气息所感染。百合根一面盼望早日回到搜查一课,一面又打算多守护ST的各位
本片改编自柳溪小说《燕子李三传奇》,讲述的是二、三十年代,北京城著名的飞天大盗李三的传奇故事。李三自幼父母双亡,随师叔法晦禅师练有一手飞檐走壁的绝技,为找被恶霸卖掉的妻子金兰而来到北京,因生活所迫走上了劫富济贫的道路,成为贵人老爷们的心腹大患,也成为了穷苦人心目中的英雄好汉。却因为江湖义气,被所谓师兄张禄出卖被捕,在狱中李三被挑断脚筋,最后这位义盗惨死在官府的屠刀之下。