在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量,竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司!命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下,在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识,慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
整个宇宙分为域内宇宙和域外宇宙,两个宇宙彼此为敌,域外宇宙由天魔统治,域内宇宙分为神界,仙界,凡间。 在宇宙中,像天罚大陆这样的凡间位面,数不胜数,其统称为:九天星域。九天星域中,九大仙帝统领九重之中所有星域。九天之上,乃炼仙神域,仙人最终化神之路,必要通过炼仙神域,方能凝聚神格,成为神,到达神界。神界万族林立,各族之神极为强大。在遥远的过去,神界万族,被始源至尊、混沌至尊,还有鸿蒙至尊统领。三大至尊,三足鼎立,统管神界、九天仙界。 鸿蒙神界之主鸿蒙至尊,身份尊贵,属下众多,为神界最强之人,精通天下万术。彼
辰南一行人离开东褚国,拜师入学神岚学院,协同梦可儿等人共同探寻邪道破灭道的真相,同时辰南自身的身世秘密逐渐浮出水面。
由于两位假面骑士的活跃,邪恶组织·杰鲁修卡被消灭,但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动,而受到该邪恶组织的追杀,之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造,但二人知道改造人的悲哀,而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机,志郎舍命相救,被机关所伤而奄奄一息,为了救他一命,1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。