动画舞台设定在1999年、14岁的明智安娜从2027年穿越回1999年的真未来市、在那里她结识了同为14岁、憧憬成为名侦探的少女小林未来、两人目睹了幻影怪盗团夺走人们珍贵之物、令众人陷入困扰的情景后决定挺身而出,变身为名侦探光之美少女。
未来世界,入侵太阳系的宇宙怪兽军团没有结束。 具有超能力,能够召唤大型机器人少男少女们——“TOPLESS”们组成了宇宙怪兽攻击部队,以此保护太阳系。 少女诺诺崇拜传说中的宇宙飞行员诺诺利利,希望成为一名宇宙飞行员,可是离家出走的她却落得只能打工做餐厅服务员。 机缘巧合,诺诺结识了“TOPLESS”一员拉尔克,拉尔克拒绝了诺诺加入的请求。但此时,地面上突然出现了宇宙怪兽。诺诺被卷入战斗,她隐藏的超能力被激发,宛如超人般的大败了宇宙怪兽。诺诺与拉尔克就此成为战斗伙伴。但是,宇宙怪兽的强大,与世界的真相,远远超乎二人的想象。
TV2003重制版,是为庆祝EVA企业十周年而重置的版本,画面和音效都有提升。在TV95版的基础上重制了21-24四话重制的部分称作“Video”。加上原有的26集,03版共26话,一共30集。这个版本中21与22,23与24,25与26,27与28都是相同的内容。只不过21,23,25,27和原来一样,而22,24,26,28中增添了一些新的东西。 突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒,身份不明的绫波丽,从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾,14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切,一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。