故事发生在名为美滨学园的私立寄宿制学校之中，高耸的墙壁和森严的制度让这所仅有五名学员的学校成为了与世隔绝的桃花源，某日，一位名为风见雄二（樱井孝宏 配音）的男生转学来到了这里，打破了此处维系多时的平衡，与此同时，雄二亦是学园中唯一的男性。 冷漠寡言的千金大小姐榊由美子（田中凉子 配音），大大咧咧毫无防备的周防天音（田口宏子 配音），傲娇毒舌的金发双马尾松岛满（水桥香织 配音），表面天真无邪实则神秘莫测的入巢莳菜（民安智惠 配音），温文尔雅却略微有些天然呆的小岭幸（清水爱 配音），在这些个性迥异的女孩子们的围绕下，雄二会迎来怎样的校园生活呢？
故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为 骑士的目的是要杀死浅仓为姊姊报仇，并令姊姊复活。而北冈正是帮浅仓脱去杀人罪的律师，他因内疚而多次帮助美穗，可惜美穗并不接受，令他意兴阑珊的退出 骑士之间的战斗。为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。由於美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的 龙牙破坏。镜世界中的真司(RYUGA)假冒真正的真司袭击美穗，美穗於是与龙牙战斗但不敌，虽然美穗被真司所救，但最後因伤重而死…。 另一方面取回小时候的记忆的优衣，知道神崎士郎发动战斗的目的是为了自己(详情请看TV版剧情简介的部份)，於是她决定以自杀来阻止神崎士郎的疯狂行为 。另外真司亦知道自己是小时候间接害死优衣的人，令他感到非常内疚。此时镜世界中的真司出现，并欺骗真司说和他合体可拯救优衣，合体後的龇牙以最强Rider的身份向 放夜骑作出挑战。 得悉优衣已死的神崎士郎受不了打击，在痛哭嚎叫下消失了，镜世界中的成千上万蜻蜓怪因而失控，飞到现实世界袭击人类。战斗中的夜骑与龙牙终於发现优衣的屍体 ，在这个冲击下真司竟从龙牙的身体中分裂出来，并和龙牙作宿命决战。 最後真司和莲变身成SURVIVE形态，骑著契约兽飞向成千上万的蜻蜓怪，与它们作最後决战，走向未知的未来…。
平凡小镇，生活在五口之家的普通小学生高町奈叶（田村由香里 配音）与好友月村铃鹿（清水爱 配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠 配音）过着无忧无虑的生活。这一日，她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰）。受伤的尤诺得到奈叶等人的救助，谁知接下来小镇便连续出现各种怪物。在尤诺的帮助下，奈叶利用Rising Heart变身成为魔法少女，击败了入侵的怪兽，并且得知关于能量结晶快Jewel Seed的秘密以及自己的使命。此后的日子里，她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚，神秘魔法少女菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）突然出现，与奈叶展开激战。 她们之间的夙缘由此展开……
