沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
天と地のはざかいの年。 十字を描く星々の力で、殺戮の嵐が起こる。 わが神殿を荒らすものは一人残らず死に絶えるであろう。
幽静的轻井泽，金田一一（松野太纪 配音）和七濑美雪（中川亚纪子 配音）与邀请他们的好友——经营电脑系统公司井泽研太郎（内山昂辉 配音）会面。井泽的老主顾火祀集团的青龙社长不久前死于列车事故，在他遇难之前，家中用于黑魔法的人偶消失，但事故当天一个断成两截的人偶突然出现， 与社长死状如出一辙。井泽怀疑这是一起杀人事件，于是拜托金田一找出真正的凶手。在神秘的黑魔法公馆中，金田一一行见到了社长的养子晓（及川以造 配音）、九曜（宫野真守 配音）、星子（朴璐美 配音）以及黑魔法师黑瓜鬼门。人人都有嫌疑，人人都有不在场证明，而死亡事件仍在继续…… 本片为金田一少年事件簿系列20周年纪念作品。
