在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
十七岁的桐山零（河西健吾 配音）是一名将棋棋士，悲惨的童年遭遇让他自幼便失去了家人，这么多年来一直背负着沉重的记忆独自生活，长此以往，零已经习惯了压抑自己的感情，在心房周围筑起了无法撼动的高墙。某日，零邂逅了川本家的三姐妹——温柔体贴，擅长照顾他人的大姐川本明里（茅野爱衣 配音）、个性开朗乐观，非常不擅长料理家事的二姐川本日向（花泽香菜 配音）和还在上托儿所稚气未脱的小妹川本桃（久野美咲 配音）。三姐妹的出现让零再度感受到了家的温暖，找回了久违的快乐。与此同时，二海堂晴信（冈本信彦 配音）、三角龙雪（杉田智和 配音）和松本一砂（本村昂 配音）等强劲对手的出现，亦令零燃起了对将棋的热爱于斗志。
自从超大型巨人出现，人类的和平与幻想被打破的那天开始，艾伦·耶格尔无尽战斗的日子就未曾中断……。 毫无抵抗之力，眼睁睁看着母亲成为巨人的饵食，发誓将巨人一个不剩地从世上驱逐的艾伦。 但，在残酷战斗的途中，他自己也变成了巨人的姿态——。 为了夺回人类的自由而驱使巨人之力的艾伦，在席纳之墙的史托黑斯区与“女巨人”交锋。这场巨人之间的激烈战斗，由艾伦艰难地取得了胜利。 即使如此，艾伦以及人类也没有休息的时间。下一场战斗已经宣告开幕。面对逼近罗塞之墙的大群巨人，人类将如何对敌！？
