沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
进入三月，第三学期也剩下一个月。麻衣的毕业典礼这一天终于来临。 “叔叔，你是谁？” 咲太在七里滨海岸等待麻衣时，酷似童星时代的麻衣的小学生出现在他面前？ 另一方面，花枫事件之后就分开住的咲太父亲来电…… “你妈妈说，她想见花枫一面。” 无法接受花枫发生的事件而长年住院的母亲传达“想见她一面”的心愿…… 家人的羁绊，新思春期症候群的征兆──
父亲欠债后离家出走，女高中生桃园奈奈生（三森铃子 配音）的人生自此发生变化。她阴差阳错成为土地神，并喜欢上妖狐巴卫（立花慎之介 配音）。在与巴卫缔结了神使的契约后，他们两人的关系似乎更近了一步。沉浸在恋爱幸福感觉之中的奈奈生，无意中目击了巴卫和狸子小姐谈话的场面。狸子将一只神秘匣子交给巴卫，而巴卫却说出奈奈生没有任何用处的话来，这令奈奈生大受打击。随后的日子里，奈奈生利用假期和巴卫来了一场温泉旅行，在全然不熟悉的度假胜地，幸福爆笑却又浪漫感人的故事继续上演…… 本片根据铃木JULIETTA的原作改编。
