在不远的未来，地球迎来了一位神秘的天外来客——帕莫，它是宇宙智慧文明希尔人的运输飞船，携带着6400万年前消失的恐龙重归地球。希尔人在将恐龙带到地球的同时，也给人类带来了先进的基因技术，人类由此进入了一个全新的时代。 然而，邪恶组织却利用先进技术培育出了危险的变异恐龙，妄图统治人类世界，英勇的X26小队再次出战，通过激烈的战斗，最终将邪恶组织消灭。可是，变异后的恐龙却以超过人类想象的速度迅速进化。 百年之后，恐龙已经占据了地球绝大地方，人类生存空间仅限于地下。一位恐龙基因的合成人，在寻求自身命运的同时，发现了埋藏在历史中的真相。踏上了一条消灭变异恐龙、复兴人类文明的艰险之路。
全球一夜之间气温骤降，人类进入冰河时代的极寒末日。上一世陈光在末日中苦苦挣扎，最后冻饿而死。重生回到末日前的一个月，陈光囤积各种物资，打造末日堡垒，提前获得能力。寒冰末日到来，陈光躺在末日安全屋中，享受着世外桃源一般的生活！
继火祀集团的青龙社长被火车残忍轧成两段之后，金田一一（松野太纪 配音）和七濑美雪（中川亚纪子 配音）受好友井泽研太郎（内山昂辉 配音）之托来到火祀家位于轻井泽的葡萄之馆，并见证了社长两名养子九曜（宫野真守 配音）和晓（及川以造 配音）的死亡。神秘的黑魔法以及带有诅咒和 预言气息魔法人偶，令这座公关被死亡的恐怖气息笼罩。人人自危，不知谁是下一个牺牲者。但是经过缜密的推理与调查，金田一终于逼近事实真相。他在众人面前指认凶手，结果令在场的每一个人出乎意料…… 本片为金田一少年事件簿系列20周年纪念作品。
