曾经，来自海洋的神秘敌人“塞壬”向人类发起了猛烈的进攻，“碧蓝航线”的少女们凭借着她们钢铁般的意志与敌人奋勇作战，最终击败了对手，守护了人类。然而，随着时间的流逝，碧蓝航线内部因为理念的差异逐渐产生分化，衍生出了名为“赤色中轴”大的对立阵营。 被称为“灰色的幽灵”的最强英雄企业（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但关键时刻意外的顶用的拉菲（长绳麻理亚 配音）、虽然年纪不大但成熟体贴的大黄蜂（山本希望 配音），个性好强但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音），面对动荡的时局，当这些少女们再一次被推上战场，会发生怎样的故事呢？
水树晃一（伊东健人 配音）是公认的大高个，180cm的身高让他无论身处何地都是最显眼的那一个。一次偶然之中，晃一竟然被名为凯乌斯（小野友树 配音）的男子召唤到了巨人国之中，身高250cm的凯乌斯一见到晃一就发出暴言，希望晃一能够成为他的新娘，并且为他繁衍子嗣。就这样，晃一在巨人国里开始了他的新生活。 美蒂娜（藤本教子 配音）是凯乌斯原定的未婚妻，哪知道被半路杀出的晃一给抢了王后的位置，因此对晃一总是充满了敌意。巨人国并未一直处于和平状态，隔壁兽人国的巴罗（中泽匡智 配音）和贝利（白井悠介 配音）一直虎视眈眈。
