天赋平平的宣起，原本只是个神通榜上没有排名的神通者，人生理想只是在这一方天地中，安全第一地苟到最后。然而一次外出，他恰好撞见倾城女帝和上古魔物的激战，遭受池鱼之殃。危急时刻，宣起竟然开启了“天秀”系统，获得了“只要展现绝世高手风范，就能不断获得仰望值”的能力。此后，宣起误打误撞，不得不以“神皇转世”的身份登场，看似轻而易举地斩杀上古魔物，更连续击败异魔道高手，从此一朝成名天下知，受到整个大胜神州的敬仰。更神奇的是，他的一言一行总是被误会成大有深意，无数神通者视他若神明，而他也被异魔道当成了心腹大患。
故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……
