在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。
保科恭子（铃木梨央 饰）、土井友彦（中川翼 饰）和酒井美和（芮成穗 饰）是就读于“阳光学苑”的同学，这所学校建造在崇山峻岭之中，与世隔绝。堀江龙子（伊藤步 饰）是学校里新上任的老师，尽管一开始是被学校的教育理念所吸引才来此处工作的，但随着时间的推移，龙子却开始感到校园之中萦绕着一种诡异的气氛。某日，校长找到了恭子、友彦和美和，告诉他们三人身上都背负着特殊的使命。 一晃眼多年过去，三人长大成人走入社会，恭子（绫濑遥 饰）和友彦（三浦春马 饰）恋爱了，而美和（水川麻美 饰）亦喜欢着友彦。当他们命中注定的使命到来之时，三人会以怎样的姿态来面对人世间的黑暗和绝望呢？
描写某高中的2名男子高中生对抗不合理且突然的“黑色校规”。
