1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子 饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二 饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美 饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸 饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬 饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧,五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾,一路无视特生自卫队的攻击来到了品川,令城市变成了一片火海。面对如此情景,五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉,机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
这集,神勇干探陈家驹(成龙 饰)将远赴大陆,化身囚犯打入国际军火毒品走私集团的内部。在大陆美女公安杨建华(杨紫琼 饰)的帮助下,家驹顺利接近了正在服刑的集团成员豹强(元华 饰)。豹强视家驹为心腹,和他策划越狱行动。为了放长线,家驹爽快应承了。 他们越狱后,豹强主张到家驹随口编出来的家乡躲避,幸得杨建华提前安排,才没有漏出马脚,杨建华自称家驹妹妹,与他们同行。他们来到香港见到了集团的老大猜霸,顺利成为集团的一员。猜霸带着手下前往吉隆坡营救被绑架的妻子,遇到了家驹的女友阿美(张曼玉 饰)。阿美不知家驹正在执行任务,以为他和杨建华在偷情。阿美的举动引起了集团成员的怀疑,连场大战一触即发!