1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
这集，神勇干探陈家驹（成龙 饰）将远赴大陆，化身囚犯打入国际军火毒品走私集团的内部。在大陆美女公安杨建华（杨紫琼 饰）的帮助下，家驹顺利接近了正在服刑的集团成员豹强（元华 饰）。豹强视家驹为心腹，和他策划越狱行动。为了放长线，家驹爽快应承了。 他们越狱后，豹强主张到家驹随口编出来的家乡躲避，幸得杨建华提前安排，才没有漏出马脚，杨建华自称家驹妹妹，与他们同行。他们来到香港见到了集团的老大猜霸，顺利成为集团的一员。猜霸带着手下前往吉隆坡营救被绑架的妻子，遇到了家驹的女友阿美（张曼玉 饰）。阿美不知家驹正在执行任务，以为他和杨建华在偷情。阿美的举动引起了集团成员的怀疑，连场大战一触即发！
