从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
无极之渊大战后，破阵、浮丘等人被石化封印。山鬼谣独担重任，力挽狂澜。同时穹奇希望重铸神坠来解开封印，而破阵则希望重铸神坠以加强封印，辛垣、夜阳怀着不可告人的意图夺取记忆珠欲控制破阵等人。
《侠岚·决敌篇》讲述的是击败了三魂之汰后，山鬼谣挫败夜阳企图控制玖宫岭的阴谋。为了重新封印穹奇，破阵统领带领众人开始重铸被毁坏的神坠。另一方面，余下的三魂相继复活，一场围绕新铸成的神坠的神坠的争夺战就此展开。在众人的努力下，三魂全部被消灭，带着新铸成的神坠，众侠岚再次前往无极之渊。最终破阵统领牺牲了自己，成功击败穹奇，辗迟终于如愿以偿，救回了被穹奇附体的姐姐。
Ova故事是朱雀与青龙的战争结束几个月后:鬼宿在战争结束仍活在现实世界里,他与美朱和奎介到盛冈替玄武巫女扫墓时,突然间鬼宿被玄武巫女的声音引导下突然地消失了,他醒来时惊见自己已身处「红南国」……,而且还过了50年……
