伊理户水斗（下野纮 配音）和伊理户结女（日高里菜 配音）是就读于同一所初中的同学，两人在读书期间产生了纯洁的感情，然而，在短暂的交往之后，因为一些误会，这段感情最终还是走到尽头。哪知道，当他们再度重逢时，等待着他们的，是即将住进同一屋檐下，以兄妹相称的生活。 原来，水斗的父亲（兴津和幸 配音）决定和结女的母亲（茅野爱衣 配音）再婚，两家人的孩子自然也要住到一起。情绪的推动下，水斗和结女结下了“绝对不把对方当做异性看待”的决定，但现实真的如此简单吗？无数个不经意间的独处时刻，令两个本就对彼此还有感情的孩子逐渐开始在意起对方来。
每个人都有不可告人的一面—— 这是一个世界各国均暗地里进行激烈情报战的时代。东国（Ostania）与西国（Westalis）的冷战状态已经持续数十年。“黄昏”是西国情报局东国对策科“WISE”的一名优秀间谍。为调查威胁东西两国和平的人物——东国国家统一党总裁多诺万·德斯蒙，上级给予了他一个绝密任务。 任务名为：“枭”（Strix）行动。内容是“一周之内组建家庭，潜入德斯蒙儿子就读的名门学校的联谊会”。于是“黄昏”扮演成精神科医生劳埃德·福杰，开始组建家庭。然而，他找来的女儿阿尼亚是个能读心的超能力者，妻子约尔是个杀手。三人利害关系一致，便互相隐瞒身份，开始了共同生活。 世界的和平，就掌握在这意外不断的临时一家人手中。
令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
混杂于群众之中，以人类的肉为食。 拥有人类的形态， 却与人类不同的存在……“喰种”。 对“喰种”进行驱逐、研究的CCG， 为了达成某个命题， 而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。 并非“正经人类”的他们， 与佐佐木琲世一等搜查官一起 在“东京”面对的事物究竟是——！？ 描绘《东京食尸鬼√A》2年后的新章《东京食尸鬼:re》终于启动。
