这里是，“人”“神”“魔”各种族混杂的神秘世界密斯塔尔希亚。 世界免于巴哈姆特复活引发的崩坏，在那之后过了10年—— 新的“人”之王袭击“神”之神殿，攻陷“魔”之国度。 从濒临毁灭的状况得到复兴以及更进一步的发展，王都为“人”带来了财富。 作为王都复兴的食粮而沦为奴隶的“魔”，以及随着信仰心的消失而失去力量的“神”。 在逐渐失去均衡的世界中，“人”“神”“魔”各自的正义相互交错……
工藤新一，米花高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非常夸张。知道他真实身份的有：阿栗博士、他父母（听博士说的）、服部平次（与柯南一起破案过程中自己发现的）、怪盗Kid（与柯南的较量中自己发现的）、灰原 哀（变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的）。因为变小后有和小兰一起洗澡，还睡同一张床，所以柯南最怕自己的真实身份被小兰知道，否则小兰的空手道攻击可不是说笑的.
存在感薄弱的高中生织田晶，有一天突然和同班同学一起被召唤到了异世界。全班人因召唤都被赋予了开挂能力，晶也如奇幻小说的标准剧情一般获得了暗杀者的力量——到此为止都还是在预料之内的，然而问题是身为区区暗杀者的晶的属性数值居然轻松就凌驾于作为同班同学的勇者之上？！而且以暗杀者技能发现了主导异世界召唤的国王的阴谋的晶，被安上了冤罪。逃亡到的地点是前人未至的迷宫深层。发誓要向国王复仇的晶为了寻求更强的力量而突进迷宫，并与精灵族神子艾蜜莉亚相遇——。暗杀者少年与神子少女一同成为最强的异世界奇幻故事，开幕！
