《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查,发现是由人类未知的技术制造的物体,这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果,表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此,人型机动兵器:Personal Trooper的研究开始了。
普普通通的大学生——岩谷尚文受到召唤来到异世界,成为了四圣勇者之一——“盾之勇者”。尽管蒙受不白之冤,多次遭到迫害,他依旧和拉芙塔莉雅、菲洛和梅尔蒂这几个好伙伴齐心协力,从威胁世界的灾厄“浪潮”中保护着人们。在自身的努力和梅洛马格女王的帮助下,尚文恢复了名誉,获得了自己的领地,并为应对即将再次袭来的浪潮进行着准备。然而,在梅洛马格东方的灵龟国,能带来前所未有灾难的魔物——灵龟复活了。尚文接受了女王讨伐灵龟的委托,一行人带上新加入的队友莉西亚前往灵龟国。在联军陆续集结之时,灵龟国国王侧室——奥斯特·蓬莱摄政王妃出现在了尚文面前。尚文从她口中得知,灵龟是被人以非常规方式复活的。他们究竟能否讨伐灵龟,揪出幕后黑手呢?