在与戈鲁戈姆战斗后半年,本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下,但光太郎不答应,于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下,光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候,光太郎被神秘的太阳光线照射,其体内的帝王石亦产生了变化,光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX,并展开了与克萊西斯帝国的战斗。
文月学园采用根据科学、偶然性和神秘学所开发的“测验召唤系统”,让感叹学历低落的学生之间掀起了一股新的风潮。在这所依照分班考试成绩严格实行分班的学园里,男主角吉井明久自信满满地等待着测验结果,结果却被分到最差的班级F班!同时,考试坐在明久身边的姬路瑞希因病患发作,优异的成绩作废,同样被分到F班。明久为了改善瑞希的学习环境,只能尽用班级之间的测验召唤战争提升设备。