故事以江户时代后期为舞台,最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面,与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛,找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放,并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
公元2307年,地球的化石燃料枯竭了。经过将近半个世纪的建设后,建成了全长5万千米、以3条轨道升降机为中心的太阳能发电系统。为了建造出这个能制造半永久能量的巨大建筑物,世界形成了3个巨大的国家联盟:以美国为中心的“世界经济联盟”,通称UNION;以中国、俄罗斯、印度为中心的“人类革新联盟”;新欧洲共同体AEU。由于轨道升降机过于巨大,防卫变成了十分困难的任务。但各国军队依然为了自己的威信与繁荣进行着大规模的zero-sum game(任何一方都得不到好处的竞争)。这样的世界,要为其花上句号的组织出现了——拥有机动战士高达的“天人”私人武装组织。他们为了消除世界的纷争,展开了超越民族、国家、宗教的作战行动。高达驾驶员刹那•F•清英决心改变这个世界。