万圣天尊林飞主宰全球灵气复苏后,世界各国修仙界群雄并起,位于大夏东侧的岛国觊觎夏国传承,派出高手偷袭却被林飞轻松击败。谁知对方不仅没有收手,反而召唤上古神明想要逆风翻盘,为了永绝后患,林飞直接将妄图作恶的众神全部解决,从此岛国再也无力侵扰大夏。随后林飞为了调查天魔神宫,和道侣瑶光一起乔装潜入,经过一番调查,天魔神宫的阴谋也终于浮出水面。
第四次非核大战一年后的2027 年,在还留有战争痕迹的新滨市,发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中,公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地,却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是,追查这起案件的并非只有草薙一人,拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人,因而紧咬着不放;以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外,「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想,草薙的本能将自此觉醒(ARISE)……。