在第二部里,包拯(陆毅 饰)已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动,而成了稳重有担待的县城父母官,偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京,查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动,而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎,日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策(任泉 饰)已然拜服在包拯的聪明才智下,甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓(范冰冰 饰),活泼捣蛋的她一直身份神秘,直到案件去到大画家冯止水事件,大家才明白小蜻蜓的身世悲惨:收养她的义父自小视他如己出,为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》,内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信,多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息,这次唯有希望包拯能查出事情真相。
特技演员程郎(黎明 饰)幼时与父亲程孝全(刘兆铭 饰)不和,负气去了台湾独自生活,妹妹程虹(杨美仪 饰)借来台湾找老同学沈文薏(周海媚 饰)的机会想让哥哥回香港。在妹妹的说动下,老婆跑路独自带着儿子的程郎终于回到了香港,回家后的程郎重逢童年伙伴高天俊(温兆伦 饰),并很快与一名越南难民展翘(邵美琪 饰)发展出刻骨铭心的恋情,可展翘最终选择离开香港,两人幸好失落之余沈文薏的出现让程郎看到一丝曙光。与此同时,程郎不知道妹妹已经爱上了高天俊,而高天俊却爱着文薏,被横刀夺爱的他渐渐开展了一系列丧心病狂的报复手段,一团乱麻之际展翘回港,程郎陷入了剪不断理还乱的三角关系中。