柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
从昭和到平成，转眼过去了二十年时光。匆忙奔波的闹市中，松野家的六胞胎不留神便长大了。他们分别是长男小松（樱井孝宏 配音）、空松（中村悠一 配音）、轻松（神谷浩史 配音）、一松（福山润 配音）、十四松（小野大辅 配音）以及椴松（入野自由 配音）。虽然有着极其相似的容貌，不过阿松们性格各异，而今他们已成年人的姿态行走于社会，用独到犀利的眼光见证着光怪陆离世界每一天的变化。他们相互吐槽，机锋不断，思索着人存于世至高无上的终极问题，也揭露着当下社会的症结所在。你乐了，那是因为他们无情批判着现实。你哭了，那是因为你恰好深陷其中…… 本片根据日本漫画名将赤冢不二夫的经典名作改编，是赤冢老师诞辰80周年纪念作品。
