在星星球20903年，嚯哈哈回来协助大大怪和小小怪侵略星星球，嚯哈哈学到一个强大的魔法，这个魔法能让星星球日常生活物件的重要部件消失，从而让这个物品不能使用，由此星星球很多东西的重要部件消失，给人们的生活造成了诸多不便，甚至引发了大混乱，为了让人们的生活恢置正常，宅博士带领以开心超人为首的超人们找到了失踪的重要部件，并重新期作出来。在此过程中，超人们知道了生活中一些日常东西运作背后蕴藏的科学道理，再次挫败了大大怪和小小怪的阴谋
第四次非核大战一年后的2027 年，在还留有战争痕迹的新滨市，发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中，公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地，却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是，追查这起案件的并非只有草薙一人，拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人，因而紧咬着不放；以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外，「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想，草薙的本能将自此觉醒（ARISE）……。
