故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际,天下公认的领袖——神农帝去世,金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中,少年拓拔野横空出世,在机缘巧合下得到了神农帝临终传承,开始了一段惊心动魄的传奇历程。
夜晚,洛洛在家里玩电脑游戏,突然落雷击中大厦,洛洛被传送到一个陌生的世界里。醒来之后,洛洛发现自己竟呆在一个以他最喜欢的机战游戏作为背景的虚拟世界。过不多久,茫然的洛洛就遭到猛兽族黑铁兽的袭击,差点小命不保,幸好时光之城的大将霹雳火及时出现将他救下,才避过猛兽族的追杀。洛洛与霹雳火结识成为朋友了,命运滚轮的转动无法避免,机战世界开始书写新的章程。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
主人公方寒在经历了残酷的仙魔斗争、同门的尔虞我诈、挚爱红怡牺牲之后,内心逐渐从懵懂少年成长为沉着果决的男人。