一半是人,一半是猩猩的新英雄!猩猩人和恐怖分子展開激烈衝突!!恐怖組織「動物解放同盟(ALA)」攻擊生物科學研究所時,救了懷孕的黑猩猩,這隻黑猩猩產下了半人半猩猩的「猩猩人」查理。15年後,查理在人類雙親的扶養下,進入高中就讀,認識了人類女孩露西。另一方面,ALA的所作所為越來越激烈,甚至計畫要查理加入他們!
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查,发现是由人类未知的技术制造的物体,这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果,表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此,人型机动兵器:Personal Trooper的研究开始了。