《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查,发现是由人类未知的技术制造的物体,这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果,表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此,人型机动兵器:Personal Trooper的研究开始了。
绝世战魂
统率着作为邪恶化身的魔族,以暴力与权力不断侵略世界的魔王阿里曼。然而,这位魔王不知为何突然停止了所有的侵略行为!魔界最强的魔王停止侵略的理由……竟然是——魔王家的女儿瞳也太温柔了吧!!虽为魔族之身,瞳的温柔却深不见底。这份温柔之强大,就连凶残的魔族、暴戾的魔物、被奴役的人类,乃至势不两立的天使,都能被治愈得心都化开。女儿这副模样,让魔王担心得不得了,哪还有心思去侵略啊。看到魔王苦恼的模样,近臣贾希决心要将瞳培养成出色的魔族,于是开始对她进行各种试炼。然而贾希尚未察觉,这些试炼反而会让瞳的温柔之心愈发闪耀……而瞳的这份温柔,正在这个毫不温柔的世界里激起阵阵涟漪——