木木部落

　　工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

　　灰岛公誓（小野贤章 配音）是一个将全部的热情都倾注到了排球这项运动上的少年，然而他的过分认真却导致了一场意外的发生，令灰岛不得不告别了东京，搬回了老家福井重新开始新的生活。在福井，生活着灰岛的青梅竹马黑羽祐仁（榎木淳弥 配音），当得知童年好友即将归来时，黑羽心中充满了兴奋之情。
　　然而，灰岛的性格早已经和从前不同了，一连串事件的发生导致了灰岛和黑羽之间友情的破裂。一转眼来到第二年，灰岛升上了当地的高中，理所当然的加入了学校的排球队，在这里，他遇见了体型娇小却热血满满的主将小田伸一郎（伊东健人 配音）和他的搭档毒舌副将青木操（梅原裕一郎 配音）。