1890年,一场世纪大赛“SBR”于美国举开。全长共6000公里,是人类史上第一场骑乘马匹横越北美大陆的比赛!为了拿下高达5千万美元(60亿日元)的冠军奖金,一群强悍的冒险家们正式展开了他们的争战!
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
东京港突然出现了超级怪兽度林卡。青年东光太郎挺身而出,孤身奋战击败了怪兽,得到赛特队重视,成为赛特队一员。再一次与怪兽战斗中,献出了生命,这时奥特之母将泰罗的生命给予了东光太郎,东光太郎亦因此成为泰罗奥特曼。
以主人公安久为轴,描写战斗少女们的群像剧。故事讲述了掌握了高端情报技术“玛娜”的人类,借助它的力量克服了地球上的战争、饥饿、污染等问题,终于迎来了和平的理想乡。然而,作为皇国第一皇女的安久丽莎,却因无法使用这等魔法之力而沦为士兵,并被派遣到偏僻的岛屿上,同其他少女们操纵变形人型兵器“帕拉美露”,共同对抗入侵而至的巨大攻击型生物——龙。于是,少女的不屈物语就此开始了……