1999年,由于数码世界资料异常增生,导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象:东南亚没有下雨,池塘全部干涸;中东却因为连场大雨发生洪水;美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一(藤田淑子 配音),和伙伴石田大和(风间勇刀 配音)、武之内空(水谷优子 配音)、泉光子郎(天神有海 配音)、太刀川美美(前田爱 配音)、城户丈(菊池正美 配音)、高石武(小西寛子 配音)一起参加了夏令营,一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里,他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后,八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽,眼看大家都要被抓住的时候,太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽,拯救了他们。进化到底是怎么回事情?数码世界究竟是什么?无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前,精彩的冒险就这样开始了……
鸣海孝之(谷山纪章 配音)、平慎二(青木城 配音)和速濑水月(石桥朋子 配音)是学生时代的好友,毕业在即,三人亦即将奔向不同的未来。某日,鸣海孝之结识了名叫凉宫遥(栗林美奈实 配音)的少女,在速濑水月的牵线搭桥下,鸣海孝之和凉宫遥走到了一起。 其实,水月一直暗暗的喜欢着孝之,在生日当天,她找到了正准备和凉宫遥约会的孝之,希望他能够送自己一枚戒指作为礼物。然而,当孝之告别水月来到约会地点时,等待着他的却是凉宫遥因车祸而陷入昏迷的噩耗。三年之后,凉宫遥从昏迷中苏醒了,可是她的记忆依旧停留在三年前出事的那一天,殊不知此时的孝之和水月早已经走到了一起。
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曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争终结后过了大约300年。 地球圈失去了至今为止的统治机构,在新的支配体系下,新世界被构筑起来。一时的和平到来,与此同时,远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。 主人公——少年三日月·奥古斯,从所属的民间警备公司克律塞安保公司(下称CGS)那里,接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但,CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击,于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖,奥尔加·伊兹卡认为这是个机会,并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月,利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯,向敌军发起挑战。