自从超大型巨人出现，人类的和平与幻想被打破的那天开始，艾伦·耶格尔无尽战斗的日子就未曾中断……。 毫无抵抗之力，眼睁睁看着母亲成为巨人的饵食，发誓将巨人一个不剩地从世上驱逐的艾伦。 但，在残酷战斗的途中，他自己也变成了巨人的姿态——。 为了夺回人类的自由而驱使巨人之力的艾伦，在席纳之墙的史托黑斯区与“女巨人”交锋。这场巨人之间的激烈战斗，由艾伦艰难地取得了胜利。 即使如此，艾伦以及人类也没有休息的时间。下一场战斗已经宣告开幕。面对逼近罗塞之墙的大群巨人，人类将如何对敌！？
司馬宙はカーレースで瀕死の重傷を負い、父親である司馬博士の技術でサイボーグとして生まれ変る。すでに司馬博士自身は亡くなっているが、その知能と意思の全てが巨大コンピュータの中に収められ、マシンファーザーとして司馬を指導する。司馬博士殺される原因となったのは、彼が発掘した銅鐸が、敵の古代帝国である邪魔台国の重要な秘密を握っていたためだ。それが今、司馬宙の体内に埋め込まれている。その銅鐸を奪うために、古代よりの侵略者、女王ヒミカとその配下たちが操るハニワ幻人が襲来する。卯月美和の乗るビッグシューターから射出されるジーグのパーツと、頭部に変形する宙が合体、鋼鉄ジーグとなって磁力を駆使した戦闘用オプションパーツを使いハニワ幻人を倒し、ヒミカの野望を打ち砕く！
