这是一个很久以前的故事。有一个地方住着一对老夫妇。老爷爷上山去捡些木柴,老奶奶去河边洗衣服——(过程省略) 虽然桃太郎消灭了鬼,但是他得知外国似乎也有鬼的存在……于是他渡海而来。 值得称赞的是消灭了鬼,值得高兴的是大家得到了拯救。而唯一一件令他不满意的事情是——还未能享受到杀戮的快乐。 这个故事所阐述的是另一种可能…… 如果顺着河流而下的大桃子并不只有一个的话……如果流入日本河流的桃子只不过是成千上万的其中之一个的话……
第四次非核大战一年后的2027 年,在还留有战争痕迹的新滨市,发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中,公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地,却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是,追查这起案件的并非只有草薙一人,拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人,因而紧咬着不放;以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外,「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想,草薙的本能将自此觉醒(ARISE)……。
在参拜母亲坟墓的回程途中,真嗣(绪方惠美 配音)和葛城美里(三石琴乃 配音)遭遇了第七使徒的攻击,关键时刻2号机势如破竹挫败对手,真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾(宫村优子 配音)。与沉默寡言的绫波丽(林原惠美 配音)不同,明日香自信张扬,甚至有些自大,在和真嗣相处的日子里,彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机,抵抗了第八使徒猛烈的攻击,在这一过程中,淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后,第九、十使徒相继降临,真嗣他们面临着生与死的残酷考验……rn本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。