為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年,官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project(高畫質再製企劃)」,畫面尺寸比將從原先的4:3升級為16:9寬螢幕,線性PCM音源化,部分音樂採用混音版,局部畫面的替換和修正,各特效與背景的處理變更,並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片,再編輯為全48話,收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化,本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送,TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
故事发生在二十一世纪初始,日本依旧笼罩在德川幕府的统治之下,柳生宗朗(平川大辅 配音)家中世代经营道场,宗朗本人则肩负着成为下任当家的沉重责任。尽管身为德川家康的臣子,但宗朗对幕府的独裁以及武应学园塾对于反抗学生的暴力镇压感到十分不满。他的不满招致了飞来横祸,不仅道场面临关门大吉的命运,宗朗更是遭到了学生会派出的精锐部队的追杀。 就在命悬一线之时,一位名为柳生十兵卫(悠木碧 配音)的红发少女突然从天而降击退了敌方,之后,柳生义仙(水原薰 配音)、真田幸村(钉宫理惠 配音)、后藤又兵卫(小林优 配音)等一干武江少女接二连三的出现在了宗朗的身边。