4000年前，出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离，两人结伴游荡荒原，入商队、遭异兽、遇天劫，属于少年的冒险正在展开。在他们的身后，王朝交替、山雨欲来，夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动，那些天赋异禀的少年，早已身在局中。
彗星社·僧侣档 “请挑选您心仪的学生吧……”在连续加班的教师佐佐木面前出现的，是“罪恶之渊（Guilty Hole）”。 面对着已变成指名板的鞋柜，心想这果然是个梦，便开玩笑地点了一个学生的名字，午夜教室里突然出现的她，一边说着刻薄话，一边羞赧地凝视着我……“马上就完事。别想着能忍过去。”师生之间，禁忌之恋……欢迎来到百无禁忌的“罪恶之渊”——
神王之子秦书身为神子，却天生凡体凡命，受尽天道界众人部夷厌弃甚至要被夺去神子身份，贬入凡间。直到他与主角相遇融为一体，开启万界签到系统，于混沌天绝云峰开启永动丹田。随后从神道界最底层走起，与修罗战、与鬼神斗、与武帝争，靠一己之力，斩尽神佛，独闯九九八十一重天顶，满天诸神都不能挡其路，以一介凡体走上神道之巅。最后从众多神子的生死决斗之中脱颖而出，独战九大帝子，破混元天尊夺取神道界的惊天密谋，成就新一代大帝。
故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为 骑士的目的是要杀死浅仓为姊姊报仇，并令姊姊复活。而北冈正是帮浅仓脱去杀人罪的律师，他因内疚而多次帮助美穗，可惜美穗并不接受，令他意兴阑珊的退出 骑士之间的战斗。为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。由於美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的 龙牙破坏。镜世界中的真司(RYUGA)假冒真正的真司袭击美穗，美穗於是与龙牙战斗但不敌，虽然美穗被真司所救，但最後因伤重而死…。 另一方面取回小时候的记忆的优衣，知道神崎士郎发动战斗的目的是为了自己(详情请看TV版剧情简介的部份)，於是她决定以自杀来阻止神崎士郎的疯狂行为 。另外真司亦知道自己是小时候间接害死优衣的人，令他感到非常内疚。此时镜世界中的真司出现，并欺骗真司说和他合体可拯救优衣，合体後的龇牙以最强Rider的身份向 放夜骑作出挑战。 得悉优衣已死的神崎士郎受不了打击，在痛哭嚎叫下消失了，镜世界中的成千上万蜻蜓怪因而失控，飞到现实世界袭击人类。战斗中的夜骑与龙牙终於发现优衣的屍体 ，在这个冲击下真司竟从龙牙的身体中分裂出来，并和龙牙作宿命决战。 最後真司和莲变身成SURVIVE形态，骑著契约兽飞向成千上万的蜻蜓怪，与它们作最後决战，走向未知的未来…。
