《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事 大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
故事发生在神奈川县之中，北条文太郎（山下诚一郎 配音）是一位十分平凡的男子高中生，对于未来，文太郎没有什么希冀和幻想，每一天都在平淡和无望之中度过。一天，名为黑田砂雪（千菅春香 配音）的女生突然找到了文太郎，砂雪是学校里如同明星一样闪耀的存在，同时也是文太郎一直默默暗恋着的对象，她找到文太郎究竟是为了什么呢？ 原来，文太郎曾经写过的一个剧本深深的吸引了砂雪，砂雪希望文太郎能够协助自己制作美少女游戏，在半推半就之中，文太郎入了伙，但是对于游戏制作的基本流程，文太郎一无所知。同样参与游戏制作的还有文太郎的青梅竹马早川夕夏（花泽香菜 配音）和完美主义者安东映叶（明坂聪美 配音）等人。
名门木叶学院转入一个神秘的转校生漩涡鸣人，就此一段忍者们的校园生活展开了。
男主角卜部征人被自己的爸爸捧为新兴宗教「神地崇教」的接班人，在献祭仪式中意外转生到异世界。征人原以为终于不会有人因为被笑信奉邪教而疏远他，但这个国家饱受皇家爆政所苦，不忍好友被无故赐死的征人默默祈祷，拥有超强神力的「御灵」马上前来搭救他，而这个御灵竟然就是神地崇教的真神 「御灵」……
