世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
蓝、法二人受到大长老指点，前往神秘的“生命绿海”快速提升等级。为了给父母报仇两人整理心情出发了。在这段艰辛的海上旅途中，他们看到了从未见过的神澜奇观，并感受到人族命运的不易。当他们终于来到生命绿海时，却遇到了这里的统治者——“绿海族”。蓝法二人在这里遇到了新的麻烦，但他们用正直感动了绿海族长老。长老请求蓝法二人帮助绿海族化解来自地下的危机，两人接下猎杀吞蚁的任务深入地下世界。猎杀过程中，两人碰巧混入了吞蚁族之主“红宝女皇”冲击十二阶的神级仪式。这时“无双珠”突然显现，吸收了“红宝女皇”晋升所需的心脏，“红宝女皇”便开始追杀蓝法二人，意图寻回这颗强大的心脏。蓝法二人面对这样的神级强者，只能一路逃跑，从地下世界逃回碧天岛。在追杀之路中两人奋力反抗，但还是险些被红宝女皇抓住，幸好遇到了掌管蓝海的“海巨帝”帮忙解围。两人决定前往更多高手云集可以自保的地域——...
