自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
过度认真的风纪委员樱大门每日的工作就是,负责开关校门与监督同学们的服装仪容。而他每次都会特别警告的问题学生,就是顶着染过的头发,又穿着迷你裙的小日向。本来很讨厌总是纠正自己的樱大门的小日向,意外地发现樱大门其实是个脑袋僵硬的可爱木头。不只如此,这个学校的委员会成员们个个都问题很大?风波趣事不断的校园生活热闹开演!
有兽焉片尾预告第二季将于6.30号播出,实现两季联播。