上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
小和尚十方（梁朝伟 饰）随师父白云（刘洵 饰）护送金佛去五台山。路上偶遇痞子道士燕赤霞（张学友 饰）杀死强盗无数，三人结下梁子。十方与师父夜宿鬼寺兰若寺。师父外出打探时，十方遭遇女鬼小卓（王祖贤 饰）。十方不受其诱惑，二人争斗，十方念咒将其制服，但仍好心将其放走。十方将金佛不慎丢失，找到后已破成两段，树妖姥姥趁机发难，白云被活捉。十方在小卓帮助下逃出，外出求人修补金佛却不幸被骗。幸得再遇小道士燕亦霞，得其相助。小卓死敌小蝶（利智 饰）出击勾引二人不成，恼怒之际识破小卓与十方的计划，引姥姥到三人藏匿之处。十方在小卓再次帮助下逃出，并救得师父，小卓却被姥姥抓回折磨。十方与燕赤霞掘出小卓骨灰逃出兰若寺，但姥姥已布下天罗地网，众人危在旦夕，最后关头，十方化成佛祖金身，对付树妖……
臬司府总捕头武良因查处贪吏得罪地方官员无数，遭到地方官员百般陷害。武良遇害后，以臬台大人为首的一伙贪官污吏暗自庆幸，从此可以高枕无忧，继续鱼肉百姓，欺上瞒下，过快乐逍遥的神仙日子。然而，以臬台大人为首的贪官污吏高兴太早，武良虽死，武良的阴魂却时常出现在污吏们的身前脑后，吓得参与陷害武良的一帮贪官污吏魂不守舍，寝食不安，人人自危。 为扫除武良阴魂的不休纠缠，避免自己作恶劣行暴露，唐盛和岳玉美两位知府大人采信算命先生的建议，结伴前往八台山风灵寺求助于住持高僧本尘大师。时逢大师云游，唐、岳两位大人被托钵师傅推荐到八台上下这是客栈住宿等候。 这是客栈的老板不是别人，正是诀别朝廷行走江湖的前督察院总捕头铁飞花。诀别朝廷行走江湖以来，铁飞花为宏伟抱负不能实现而郁郁寡欢。在本尘大师的开导下，铁飞花在钟灵毓秀的八台下开起客栈，静养悟道，伺机复出。客栈开张以来，无人问...
