桃濑成海（伊达朱里纱 配音）表面上看来只是一个平凡的办公室小姐，但实际上，她是一个重度腐女。在工作场所中，成海极力隐瞒着自己的真实属性，扮演成为一个毫无特色的普通人，但一回到家中，她会立刻转换人格，徜徉在BL的海洋之中。成海非常非常的害怕被人发现的这个秘密，却在一次偶然中被名叫二藤宏嵩（伊东健人 配音）的男人给撞了个正着，更糟的是，这个男人是她需要朝夕相处的同事。 实际上，二藤宏嵩也有着不为人知的一面，在工作中，他的办事效率极高，个性冷酷无情，但生活里，他是一个重度沉迷于游戏之中的宅男。当宅男遇见腐女，会产生怎样有趣的化学反应呢？
故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……
魔术师与英灵为夺取能如愿所偿的愿望机“圣杯”而展开圣杯战争。日本的第五次圣杯战争结束后的几年，在美国西部的城市雪原市被观测到有新的圣杯战争预兆，集结的魔术师与英灵…… 缺失的职阶，无法被选中的英灵，暗中涌动的国家，为战斗造起来的城市。
