漠北当下表面平静，实则暗中涌动。王后述里朵正筹划一场大会，不良帅为探查漠北动向带着一众不良人出现在漠北，以降臣为首的四大尸祖在此期间也来到漠北开了家古董羹店，而神秘的杀人凶手更弄得人心惶惶，几方势力各怀心思....
人类遭逢了名为“空间震”的新型灾害。震撼空间、将一切破坏殆尽的这一灾厄，是由于精灵自临界显现而发生的。为了阻止空间震，使人类免遭灾厄而必须采取的措施，是使用武力歼灭精灵，或者是——“与其约会，使其娇羞”！ 让精灵娇羞，再通过“亲吻”即可封印其力量——拥有这种能力的高中生·五河士道。为了人类的和平，也为了拯救精灵们——士道在和她们的“约会”中来回奔走。对士道敞开心扉的精灵·十香、四糸乃、琴里、耶俱矢、夕弦、美九，为歼灭精灵而行动的AST，企图利用精灵的DEM，尝试与精灵对话的拉塔托斯克，以及，需要令其娇羞的新精灵——将这一切全部卷入，新的战争约会开始了——
本次公开的第二季动画标题为《我的妹妹哪有这么可爱。》，乍看之下似乎与第一季没什么区别，其实区别就在于最后的一个“。”句号。本次有意将第一季标题加上句号作为第二季的标题，不得不令人联想第二季是否意味着真正完结？
藤井夏生（八代拓 配音）幼年时失去了母亲，因此对年长的女性充满了憧憬。一次偶然中，夏生在学校的楼顶遇见了英语老师橘阳菜（日笠阳子 配音），阳菜温柔的身影深深的将夏生吸引，令他不自觉的坠入了爱河。然而夏生知道，自己和老师是不可能有结果的，于是，他将郁闷发泄到了联谊活动之中。 在联谊会上，夏生邂逅了名为瑠衣（内田真礼 配音）的女孩，那一天，瑠衣将自己的第一次献给了夏生。之后，夏生的父亲告诉他自己即将再婚，而女方要带她的两个女儿住进夏生的家中。让夏生没有想到的是，这两个姑娘竟然正是阳菜和瑠衣。
