数百年前，欲望催生了几乎灭绝人类的玛娜生态。人类瞬间沦为猎物，文明毁灭殆尽，末日中猜忌和恐惧拉开了人与人之间的距离。灾难当前，人们逐渐意识到：情感——这个被灯塔视为禁忌的存在，如今成为突破一切障碍、构建命运共同体的最强纽带。已被逼至绝境的幸存者们能否重夺未来?
在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……rn本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。
