本片是以神木高中“古典部”为舞台，围绕四个部员折木奉太郎、千反田爱瑠、福部里志、伊原摩耶花展开的校园推理剧。神木高中一年级生折木奉太郎是一个“节能”主义者，他信奉“不必要的事不做，非做不可的事就尽快解决”，过着“灰色”的高中生活。不参加任何社团的他，却因为姐姐的拜托而加入了濒临废部的“古典部”。在古典部他结识了好奇心旺盛的千金小姐千反田爱瑠，国中好友福部里志、伊原摩耶花也相继加入古典部。 原来千反田失踪已久的舅舅就是当年古典部的部长，于是四人开始着手调查四十五年前古典部的神秘事件，而最大的线索就是当年的社刊“冰果”。冰果里隐藏了什么样的秘密，当年的部长为什么要退学…… 本动画改编自日本推理作家米泽穗信的古典部系列小说。
在水果江湖中，武术是最受人追捧！其中更以果宝大侠橙留香、菠萝吹雪、陆小果成立的正教最让人瞩目。三人号称果宝三剑客，在水果江湖行侠仗义，锄强扶弱，受到万民崇拜。但就在正教三周年庆祝会上，四大恶贼横空出世打败三剑客，将正教改为歪教，并四处铲除其他教派，抓捕村民，将水果江湖搅得民不聊生。 为解救民众和重现正教，在江湖奇人疯清扬暗中帮助下，三剑客打败怪兽得到神兵升级机甲，一路向着四大恶贼的所在地进发，在途中更与上官子怡、小果叮、夜燕等人共同经历了一段段嬉笑怒骂，热血搞笑的故事。而一次次的苦战，就是一次次成长，凭着百折不挠，永不放弃的心，三剑客终于打败四大恶贼，重回巅峰。 当三剑客以为危机解除，未曾想四大恶贼的幕后主使东方求败出现！面对企图颠覆水果江湖的东方求败和四大恶贼，三剑客与疯清扬等人与他们在七界山莲花处展开了一场惊天动地、事关水果世界存亡之战。最终，三剑客等人与东方求败和四大恶贼同归于尽，用生命守护了水果世界。
