济州岛高级饭店，一场华丽盛大的结婚典礼。新郎申贤宇（韩相镇饰）正幸福的等待着新娘朱雅兰（李素妍饰）的到来，然而这将是一场阴谋与复仇的开始。从小父母双亡的雅兰一直过着不幸的生活。当她意外得知父母是被申氏家族所害的时候，决定不顾一切地展开报复。 在缜密的复仇计划下，雅兰嫁给了自己仇家的儿子贤宇，随即开始了她不择手段的报复。一次偶然的机会，贤宇得知了雅兰的秘密。被仇恨冲昏头脑的雅兰居然设计了一场车祸，欲将贤宇置于死地。然而贤宇死里逃生，却成为了植物人。恢复意识的贤宇誓要报复这个狠毒的女人，保护自己的家人。经过全身整形，此时的贤宇（裴秀彬饰）以英俊潇洒的海归商人的身份形象再次出现。一场因复仇而起又陷入另一个复仇漩涡的较量旋即开战。
继续展现ICAC如何锲而不舍，打击层出不穷的贪污舞弊罪行，不让繁荣稳定的香港因一小撮人而负上沉重的代价。《廉政行动二○○四》分为五个单元剧，分别是由贩卖外国护照改编的“终极斗智”、由解款车走私案改编的“不一样的赌注”、改编自首宗因身为公职人员行为不当而犯罪的“以权谋私”、廉署同一时间调查两宗涉及税务贪污案件的“猎户天龙”，以及综合所有公营房屋短桩案而成的“短桩”。
法政部的高级化验师Tim Sir（欧阳震华 饰）学识广博，有赖于他高超的物证检验手法，屡破奇案。手下兼好友阿Sam（林文龙 饰）亦是一名出色的法医，最近他准备和相恋多年的女友汀汀（钟嘉欣 饰）正准备结婚。阿Sam的好友Ivan（郑嘉颖 饰）刚从英国回来，在一次炸弹危机中安全引爆了炸弹了，令到Tim Sir对他另眼相看。 这时，扫毒组的高级督察马帼英（佘诗曼 饰）和一班手下正在追查香港大毒枭戴贵，戴贵逼走了香港的另一个毒枭石头勇而独霸了整个香港市场。正当扫毒组和法证组合力追寻到戴贵的手下和国外毒贩交易，准备将得意洋洋的戴贵捉捕时，戴贵所乘坐的汽车竟然爆炸了。恰巧这时汀汀和Tim Sir的女友——重案组高级督察小柔（蒙嘉慧 饰）经过，爆炸令汀汀死去，小柔重伤。正准备结婚的阿Sam闻之消息后悲痛欲绝。 帼英调到了重案组任职，她怀疑戴贵的爆炸案是石头勇回来报复所致，于是开始着手调查。正当案情胶着时，冥冥中阿Sam似乎得到了汀汀的提示，终于找到了石头勇犯案的证据……
