第二季的故事发生在第一季结束八年后,军情六处的特工乔纳森·派恩(汤姆·希德勒斯顿 饰)以为自己彻底埋葬了过去,如今他的化名叫作亚历克斯·古德温,在伦敦负责主导一个秘密监视小组,生活平静安逸。然而某晚,他偶然瞥见一位过去受雇于理查德的佣兵,并促使他再次行动,与哥伦比亚商人泰迪·多斯·桑托斯(迭戈·卡尔瓦 饰)发生冲突。在这段危机四伏的新旅程中,派恩结识女商人罗克萨娜·博拉诺斯(卡米拉·莫罗 饰),她勉为其难帮助派恩潜入泰迪在哥伦比亚的军火行动。抵达哥伦比亚后,派恩深陷一场涉及武器和游击队训练的致命阴谋。随着敌我局势愈加难分难解,派恩急迫揭露一场旨在扰乱国家安宁的阴谋,但背叛如影随形,他必须决定自己究竟需要赢得谁的信任,以及在为时已晚之前,自己愿意付出多大的代价。
清嘉庆帝在位四年有心勤政,无奈太上皇乾隆诸多干涉,新政难展。奸臣和珅知悉乾隆病危,巧计讹乾隆立下免死敕旨,广结群党,欲篡位自尊。嘉庆四面受敌,不由得想起既敬且畏的二兄永硕。喜爱摔跤,饮酒,好管闲事,四处云游的他,此时不知身在何方?其实乾隆十分喜爱永硕,曾有意将他立为皇储。但他不愿当皇帝,把皇位让给了弟弟嘉庆。乾隆很想看到永硕娶妻,嘉庆贴出皇榜为二哥招亲,闹得京城沸腾。此事引起一位神秘蒙面人的关注。