在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……rn本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。
故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
人类对大自然的过渡开采导致地球的生态被完全的破坏了，北极熊因此而灭绝，彼时，整个地球上只剩下最后一只北极熊了，它被善良的人类女孩杰西卡（徐佳琪 配音）收养，取名为贝肯（汤水雨 配音）。杰西卡是一名在安全部工作的优秀特工，同时也是贝肯的偶像，贝肯希望自己有朝一日也能够变成和杰西卡一样厉害的特工，但生来笨手笨脚的他常常惹出一堆的麻烦，最终，他只能去安全部的清洁部门报道。 一天，一个神秘的北极熊组织出现在了人类的视野之中，他们声称要报复人类，在世界各地设置了危险的炸弹。安全部派出的特工们全部都被北极熊基地的人类探测仪发现了，为了根除这个恐怖组织，安全部最终决定启用贝肯这名秘密成员。
