故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……
为了变得更强而正在旅行的少年钢银河，在偶然的机会下帮助并认识了同样热爱战斗陀螺的小学生汤宫健太。此后两人以战斗陀螺为缘由不断认识着更多的朋友与敌人，共同体验着陀螺对战带来的各种乐趣与磨练，并逐渐成长起来。
封印着三国时代英雄魂魄的勾玉，流落到日出国（日本）并散落各地。勾玉具有能引导出续承者极限能力的力量。被勾玉选中的人称之为“斗士”，为追求天下第一强不断战斗。看似平凡的女高中生——孙策得知自己也是名“斗士”后，便投入了战斗的漩涡。而奉母之命转到南阳学院的伯符转学的第一天就制造了暴动。 在关东，洛阳中学，南阳中学，许昌中学，扬州中学，豫州学院，成都学院，琼州中学共7所中学中，展开了天下唯我独尊的霸权争夺战。 在这7多高校的高中生中，有一群身批勾玉“战袍”的人，他们何时何地都埋头苦战。在他们身上所佩带的勾玉是封印着远在三国时期三国志战士灵魂的，宿命的勾玉。换言之，三国志时代的英雄和名将们都演变成了高中生在现代展开霸权争夺战。
