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在第二部里，包拯（陆毅饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰饰），
法政部的高级化验师Tim Sir（欧阳震华 饰）学识广博，有赖于他高超的物证检验手法，屡破奇案。手下兼好友阿Sam（林文龙 饰）亦是一名出色的法医，最近他准备和相恋多年的女友汀汀（钟嘉欣 饰）正准备结婚。阿Sam的好友Ivan（郑嘉颖 饰）刚从英国回来，在一次炸弹危机中安全引爆了炸弹了，令到Tim Sir对他另眼相看。 这时，扫毒组的高级督察马帼英（佘诗曼 饰）和一班手下正在追查香港大毒枭戴贵，戴贵逼走了香港的另一个毒枭石头勇而独霸了整个香港市场。正当扫毒组和法证组合力追寻到戴贵的手下和国外毒贩交易，准备将得意洋洋的戴贵捉捕时，戴贵所乘坐的汽车竟然爆炸了。恰巧这时汀汀和Tim Sir的女友——重案组高级督察小柔（蒙嘉慧 饰）经过，爆炸令汀汀死去，小柔重伤。正准备结婚的阿Sam闻之消息后悲痛欲绝。 帼英调到了重案组任职，她怀疑戴贵的爆炸案是石头勇回来报复所致，于是开始着手调查。正当案情胶着时，冥冥中阿Sam似乎得到了汀汀的提示，终于找到了石头勇犯案的证据……
1942年3月19日傍晚，一架载有笃信者的盟军飞机飞抵仰光机场，降落之时发现机场已被日军占领，奋起复飞，不料第二天最高当局却收到了飞机被击落的AAAA级电报，引起了当局极大恐慌，笃信者此次的使命是向中国战区最高当局送达一份绝密的行动方案及联络密码，当局命令军事情报部门不惜一切代价，查到失踪飞机和笃信者的下落。 笃信者此次携带的是此次轰炸东京的全部绝密计划，与太平洋上的航母编队以及与执行轰炸任务的轰炸机编队的联系密码，一旦这份文件落入日军手中，不但轰炸东京计划将失败，还会使得整个护送舰队沦为日军嘴里的待宰羔羊！ 笃信者受伤跳伞，降落到了日军海军第六航空基地驻守的三灶岛，被当地岛民营救并藏匿。日军对岛屿实施了严密的封锁，派人上岛营救几乎是天方夜谭。面对这个不可能完成的任务，军事情报部门不得不启动了一支长期静默的情报组，唤醒了驻扎日本的情报员伐木工----
工作失意的广告公司创意总监朱欣葵（邵雨薇 饰）竟意外成为寿山动物园实习保育员，与王柏杰共谱浪漫职场故事。
少年符生不谙世事，唯独痴迷医学，非常规的行医手段让城中百姓对他又爱又怕。一桩突如其来的“百医之死”案，不仅令他痛失父亲，更使他蒙上弑父凶手的污名。绝境之中，幸得前来寻医的西川郡主文珏与仗义游侠顾天出手搭救，这才死里逃生。为报救命之恩，符生答应随文珏前往西川救治其父。而在整理父亲遗物时，符生意外发现一个秘密，原来这世间竟藏有一件关乎社稷安稳之物——天书宝藏。百医惨死之局，正是因它而起。更令他心惊的是，宝藏所藏之地，正指向西川；而开启一切的钥匙，竟就在自己手中。为查明真相、也为守护百姓安宁，符生与文珏、顾天并肩踏上寻找“天书”的险途。谜案环环相扣，奇诡之事接连不断，三人在这热血与阴谋交织的旅途中步步为营。然而符生并不知道，他这一步步入局，已在西川城中掀起暗涌波澜……
