他为了死亡，选择了侦探之路…… 时为2030年代。 集合在神秘侦探明智小五郎手下的“少年侦探团”。 他们以天赋的行动力，将大大小小的事件导向解决。 某天，成员花崎健介遇到了神秘的少年小林芳雄。 由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林， 期盼着自身的死，拒绝与他人的接触。 对于这样的他的存在怀有兴趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年侦探团’？”…… 小林与花崎。他们的相遇， 终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错， 并推动两人的命运……
第四次非核大战一年后的2027 年，在还留有战争痕迹的新滨市，发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中，公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地，却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是，追查这起案件的并非只有草薙一人，拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人，因而紧咬着不放；以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外，「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想，草薙的本能将自此觉醒（ARISE）……。
现实中一切极端的梦境，都凝聚着可怕的能量。唯有将这些梦境送入异次元世界——梦界化消，才能避免这些能量对现实世界造成扭曲动荡。个性跳脱的任小冲，因巧合被来自梦界的渡梦使选中，成为笛见塔的化梦武士，展开了奇异的化梦之旅。在他与同伴武伽矛盾加剧的同时，另一座墨决塔悄悄展开了对笛见塔的侵略阴谋，并牵扯出梦界沉睡已久的秘密传说……
