TV2003重制版，是为庆祝EVA企业十周年而重置的版本，画面和音效都有提升。在TV95版的基础上重制了21-24四话重制的部分称作“Video”。加上原有的26集，03版共26话，一共30集。这个版本中21与22，23与24，25与26，27与28都是相同的内容。只不过21，23，25，27和原来一样，而22，24，26，28中增添了一些新的东西。 突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
日本各地出现了异空间「魔都」── 由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力， 因此便由女兵组成了「魔防队」。 某一天， 过着抑郁生活的男高中生──和仓优希 不小心闯进了突发性产生的魔都入口， 在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香， 而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」
在青州崭露头角的楚枫随青龙宗主李长青参加青州最高盛会百宗大会，与强悍霸道的凌云宗主燕扬天结仇。殊不知，百宗大会名为宗门比试，实为燕扬天的一场惊世阴谋。 随着实力的不断提升，楚枫领悟金、蓝双色神雷之力。然而，神雷之力意外惊动了沉睡多年的冰火双珠，好友苏柔苏美为救楚枫被双珠 夺舍，危在旦夕。为救好友，楚枫踏上万妖山寻宝之路，誓要以此救出紫袍界灵师妖猴王，搭救二苏。 途中，楚枫结识皇朝少年姜无殇，重遇天赐神体又身世神秘的少女紫铃，并终于和名震天下的同宗师兄——“翼盟”创始人张天翼相认。 最终，在蛋蛋、紫铃、姜无殇、张天翼等人的肝胆相照和自身实力的不断提升下，楚枫寻得修罗鬼斧、救出妖猴王、成功搭救二苏，识破凌云宗主燕扬天的阴谋，最终力挽狂澜、化解九州危机。并为解开自己的身份谜团，踏上更广大的东方海域......
