骊珠洞天破碎，少年陈平安肩负重任，护送李宝瓶等人前往大隋求学。路途凶险万分，既有大骊铁骑追杀，也有精怪鬼魅环伺。前有神秘剑客阿良现身相助，后有文圣，崔诚等人悉数登场。少年郎行万里路，挥百万拳，肩头既有草长莺飞也有责任使命。人间山水郎，踏上了他的成长征途。
伊理户水斗（下野纮 配音）和伊理户结女（日高里菜 配音）是就读于同一所初中的同学，两人在读书期间产生了纯洁的感情，然而，在短暂的交往之后，因为一些误会，这段感情最终还是走到尽头。哪知道，当他们再度重逢时，等待着他们的，是即将住进同一屋檐下，以兄妹相称的生活。 原来，水斗的父亲（兴津和幸 配音）决定和结女的母亲（茅野爱衣 配音）再婚，两家人的孩子自然也要住到一起。情绪的推动下，水斗和结女结下了“绝对不把对方当做异性看待”的决定，但现实真的如此简单吗？无数个不经意间的独处时刻，令两个本就对彼此还有感情的孩子逐渐开始在意起对方来。
牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
