故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……
臭名远扬的圣手牧天侯突遭暗算，引发江湖震动。两位正直弟子郑东霆和祖悲秋(废柴兄弟)因此相识，为帮师弟祖悲秋找寻十年未见的妻子，也为找寻杀害师父的真凶，一个名捕头和一个富二代阴差阳错的组合共闯江湖，踏上千里送休书的冒险之旅。二人来到扬州洛家，却遭遇洛家灭门惨案并被误会为凶手，江湖称“中原双凶”。二人一个有武功不能用（郑东霆），一个有武功不会用（祖悲秋），师兄弟虽意图洗冤但江湖各派对其误会却不断加深，武林正道群起而攻之。历经漱玉楼大战，歙州夜战，聚义厅论战等险境，二人发现这是一个针对他们的大阴谋......郑东霆为维护江湖道义，在武林精英汇聚的洛阳论剑大会上，使出神剑满天星击败反派弓天影，郑东霆虽违背了不使用武功的承诺但获得江湖各派谅解。师兄弟二人论剑大会后，又踏上了西征天山，打败昆仑魔教督红花，为师父报仇的旅程......
